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चोंड्रोइटिन सल्फेट (सीएस) ग्लाइकोसामिनोग्लाइकेन्स का एक वर्ग है जो प्रोटीयोग्लाइकेन्स बनाने के लिए प्रोटीन से सहसंयोजक रूप से जुड़ा होता है।चोंड्रोइटिन सल्फेट जानवरों के ऊतकों के बाह्य मैट्रिक्स और कोशिका सतह में व्यापक रूप से वितरित होता है।चीनी श्रृंखला में वैकल्पिक ग्लुकुरोनिक एसिड और एन-एसिटाइलगैलेक्टोसामाइन का पोलीमराइजेशन होता है, और यह चीनी जैसे लिंक क्षेत्र द्वारा कोर प्रोटीन के सेरीन अवशेषों से जुड़ा होता है।

यद्यपि पॉलीसेकेराइड की मुख्य श्रृंखला की संरचना जटिल नहीं है, यह सल्फेशन की डिग्री, सल्फेट समूह और श्रृंखला में आइसो-यूरोनिक एसिड में दो अंतरों के वितरण के मामले में अत्यधिक विषम है।चोंड्रोइटिन सल्फेट की बारीक संरचना इसकी कार्यात्मक विशिष्टता और विभिन्न प्रोटीन अणुओं के साथ बातचीत को निर्धारित करती है।