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क्लिंडामाइसिन का उपयोग मुख्य रूप से अतिसंवेदनशील अवायवीय बैक्टीरिया के कारण होने वाले संक्रमण के इलाज के लिए किया जाता है, जिसमें श्वसन पथ, त्वचा और कोमल ऊतकों के संक्रमण और पेरिटोनिटिस के संक्रमण शामिल हैं। पेनिसिलिन के प्रति अतिसंवेदनशीलता वाले रोगियों में, क्लिंडामाइसिन का उपयोग अतिसंवेदनशील एरोबिक बैक्टीरिया के कारण होने वाले संक्रमण के इलाज के लिए भी किया जा सकता है। .इसका उपयोग हड्डी और जोड़ों के संक्रमण, विशेष रूप से स्टैफिलोकोकस ऑरियस के कारण होने वाले संक्रमण के इलाज के लिए भी किया जाता है।हल्के से मध्यम मुँहासे के इलाज के लिए क्लिंडामाइसिन फॉस्फेट के सामयिक अनुप्रयोग का उपयोग किया जा सकता है।